土壤是苗木生产的物质基础，保持苗圃的土壤肥力对于苗圃建设尤为重要。一是轮作与休闲。苗圃地经过一定年限培育苗木后，轮作或休闲1年。轮作是在苗木出圃后，种植1年农作物或培育与前茬苗木不同种类苗木。一般以种植绿豆、黄豆等豆料作物为好。秋季作物收获后，结合施基肥进行耕耙，整平耙细，翌年春季再进行育苗生产。苗木换茬一般有阔叶树种与针叶树种交替、浅根树种与深根树种交替、培育大苗与培育小苗交替等形式。休闲时将土地闲置，待雨季将地上的杂草翻压在水中，任其腐烂以作肥料。二是合理耕作。耕作包括整地与中耕2个方面，苗圃整地最好进行秋季。