小型或中型蕨类，多为水生或沼地生。茎粗短，块状或伸长而分枝，具原生中柱，下部生根，有根托。叶螺旋状排呈丛生状，一型，狭长线形或钻形，基部扩大，腹面有叶舌；内部有分隔的气室及叶脉1条；叶内有1条维管束和4条纵向具横隔的通气道。孢子囊单生在叶基部腹面的穴内，椭圆形，外有盖膜覆盖，二型，大孢子囊生在外部的叶基，小孢子囊生在内部的叶基。孢子二型，大孢子球状四面形，小孢子肾状二面形。配子体有雌雄之分，退化；精子有多数鞭毛。

共2属，约60种；其中Stylites为单种属，仅产于秘鲁。中国1属。

水韭科在分类学上属于拟蕨类，即小型叶蕨类，但它不同于拟蕨类其他成员如石松、卷柏、木贼，在系统演化上较为孤立。