孔子（公元前551—前479年）名丘，字仲尼，春秋时期的鲁国人。他辞世后一年，鲁哀公把他的三间故宅改建成祠庙。公元前195年，汉高祖刘邦以太牢之礼祭孔子墓，并封孔子九世孙为奉祀君，代表国家祭祀孔子，开创了历代皇帝祭孔的先例。汉代以后历代皇帝都提倡尊孔读经，对孔子也不断追谥加封，同时扩大他的祠庙，孔庙的规模也越修越大。仅在宋天祐二年（公元1018年），增建殿堂廊庑就达360间，使之成为模仿王宫之制的庞大建筑群，历代皇帝到曲阜，都是在此举行隆重的祭孔活动。
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孔庙平面呈长方形，总面积327.5亩，南北长1120米。整个孔庙的建筑群以中轴线贯穿，左右对称，布局严谨，共有九进院落，前有棂星门、圣时门、弘道门、大中门、同文门、奎文阁、十三御碑亭，从大圣门起，建筑分成三路：中路为大成门、杏坛、大成殿、寝殿、圣迹殿及两庑，分别是祭祀孔子以及先儒、先贤的场所；东路为崇圣门、诗礼堂、故井、鲁壁、崇圣词、家庙等，多是祭祀孔子上五代祖先的地方；西路为启圣门、金丝堂、启圣王殿、寝殿等建筑，是祭祀孔子父母的地方。全庙共有五殿、一祠、一阁、一坛、两堂、十七碑亭、五十三门坊，共计有殿庑四百六十六间，分别建于金、元、明、清及民国时期。孔庙内最为著名的建筑有：棂星门、二门、奎文阁、杏坛、大成殿、寝殿、圣迹堂、诗礼堂等。
棂星门是孔庙的大门。古代传说棂星是天上的文星，以此命名寓有国家人才辈出之意，因此古代帝王祭天时首先祭棂星，祭祀孔子规格也如同祭天。棂星门建于清乾隆十九年（公元1754年），六楹四柱，铁梁石柱，柱的顶端屹立着四尊天将石像，威风凛凛，不可一世。柱下石鼓抱夹，使建筑风格稳重端庄。
二门又名圣时门，形同城门，有三间门洞，前后石陛御道有明代的浮雕二龙戏珠，图中的游龙翻江倒海，喷云吐雾，气势不凡。圣时门建于明代，飞檐斗拱，顶为绿琉璃瓦，门前的汉白玉坊，名太和元气坊，坊名盛赞孔子如同天地一般，无所不包。门的东西两侧各立有一座木坊，两坊形制相同，上边置有牌楼，三间四柱，斗拱密集，檐翼起翘，柱上透雕有石狮、天禄像，造型古朴。
奎文阁位于孔庙的中部，是藏书的一座楼阁。中国古代以奎星为二十八宿之一，主文章。阁始建于宋天禧二年（公元1018年），明成化十九年（公元1483年）改建。奎文阁三重飞檐，四层斗拱，面阔七间，进深五间，长30米，宽17.62米，高23.35米。阁的内部有二层阁，中间夹有暗层，结构独特，工艺奇巧。上层是专藏历代帝王御赐的经书、墨迹的场所，明清两代曾专设奎文阁七品典籍官一员进行管理，暗层专藏藏经板，下层专藏历代帝王祭孔时所需的香帛之物。这座藏书楼是中国著名的木结构楼阁之一。
孔庙的杏坛相传是孔子讲学之所，在大成殿前的院落正中。北宋天圣二年（公元1024年）在此建坛，在坛周围环植以杏，命名为杏坛，以纪念孔子杏坛讲学的历史故事。金代又在坛上建亭，大学士党怀英篆书的“杏坛”二字石碑立在亭上。明隆庆三年（公元1569年）重修，即今日之杏坛。杏坛是一座方亭，重檐，四面歇山顶，十字结脊，黄瓦飞檐二层，双重斗拱。亭内藻井雕刻精细，彩绘金龙，色彩绚丽。曾有诗人以妙句描绘杏坛的景色，“独有杏坛春意早，年年花发旧时红”，亭的四周杏树繁茂，生机盎然。
大成殿是孔庙的主体建筑，面阔九间，进深五间，高32米，长54米，深34米，重檐九脊，黄瓦飞彩，斗拱交错，雕梁画栋，周环回廊，巍峨壮丽。擎檐有石柱二十八根，高5.98米，直径达0.81米。两山及后檐的十八根柱子浅雕云龙纹，每柱有七十二团龙。前檐十柱深浮雕云龙纹，每柱二龙对翔，盘绕升腾，似脱壁欲出，精美绝伦。殿内高悬“万世师表”等十方巨匾，三副楹联，都是清乾隆帝手书。殿正中供奉着孔子的塑像，七十二弟子及儒家的历代先贤塑像分侍左右。历朝历代皇帝的重大祭孔活动就在大殿里举行。殿下是巨型的须弥座石台基，高2米，占地1836平方米。殿前露台轩敞，旧时祭孔的“八佾舞”也在这里举行。
庙内还存有两汉以来历代碑碣二千多方，真草隶篆，诸体俱备，其中尤以汉魏六朝的碑刻称誉海内外。
