晋祠内建筑布局由中、北、南三部分组成,中部建筑结构壮丽而整肃,为全祠之核心,北部建筑以崇楼高阁取胜,南部建筑楼阁林立,小桥流水,亭榭环绕,一片江南园林风光。祠内建筑由东向西有水镜台、会仙桥、金人台、对越坊、钟鼓二楼、献殿、鱼沼飞梁和圣母殿,其北为唐叔虞祠、吴天神祠和文昌宫,其南面是水母楼、难老泉亭和舍利生生塔,整个建筑群布局紧凑、严密,既像庙观院落,又好似皇室的宫苑。
圣母殿始建于北宋天圣年间,是现在晋祠内最古老的建筑。圣母殿高19米,重檐歇山顶,面阔七间,进深六间,黄绿琉璃瓦剪边,雕花脊兽,四周围廊,殿前廊柱上木雕盘龙八条。殿的内部采用减柱法,扩大了空间,是中国规模较大的一座宋代建筑。殿内有宋代的彩塑43尊,主像圣母端坐木制的神龛里,其余42尊侍从分列龛外两侧,圣母凤冠蟒袍,神态端庄,侍从手中各有所奉,或侍饮食起居,或梳洗洒扫等,是宫廷生活的具体写照。塑像十分生动,充分地表现出人的神情,各个塑像神态自然,神情各异,塑工高超,是中国宋代彩塑中的精品。在圣母殿的南面,有一座北齐天保年间(公元550—559年)创建的难老泉亭,亭为八角攒尖顶。晋水主要的源头难老泉水从亭下石洞中汩汩流出,常年不息,因此北齐时撷取《诗经·鲁颂》中“永锡难老”的锦句为名,名为“难老泉”。泉水晶莹透明,常生萍四季一色,常年水温保持在17℃,历朝历代的诗人多吟诗赞美,唐代著名大诗人李白写下了“晋河流水如碧玉”,“微波龙鳞莎草绿”的佳句。源头上有明嘉靖四十二年(公元1563年)建造的水母楼,二层五开间,内塑水母坐像及侍女,体态优美,造型别致,也是宋代彩塑中难得的艺术佳品。
祠区北侧的唐叔虞祠,建筑分前后两院,前院四周有走廊,后院东西各有配殿三间,正北为唐叔虞殿,宽五间,进深四间,中间神龛内设有唐叔虞的塑像,其两侧是从别处移来的12尊塑像,她们手持笛、琵琶、三弦等不同乐器,是研究中国乐器和音乐史不可多得的珍贵资料。
晋祠被称为三晋胜景,历代帝王将相、文人雅士为晋祠留下了碑碣多达300余篇。著名的《晋祠之铭并序》碑矗立在“贞观宝翰”亭中,是唐太宗李世民于贞观二十年(公元646年)撰文并书写的。祠内的“齐年柏”(相传为西周时所植),老枝纵横,虽已历数千年之风雨,但仍生机勃勃、郁郁葱葱,与长流不息的“难老泉”和精美的“宋塑侍女”像被誉为“晋祠三绝”。